My experiment - it's worthy to try

Understanding brain with a supercomputer Blue Gene

Science with a W (for women)

In 2008 Christiane Nüsslein-Volhard wrote an interesting letter about the women in science.  She expresses her thoughts about the passion for science in particular for the female gender, as well as some personality features in women that persues this task (doi:10.1016/j.cub.2008.01.052 ).

Another interesting and inspiring text is  the booklet at Science website, where we can read the biography of Young Women in Science. This booklet is brought to you by the AAAS/Science Business Office at the website: Booklet

"Franken-Noir"

What is genomics? How will it affect our lives? In this intriguing primer on the genomics revolution, entrepreneur Barry Schuler says we can at least expect healthier, tastier food. He suggests we start with the pinot noir grape, to build better wines.
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I suggest this video as a great introduction to genomics and its possibilities to make it a better time and space (perhaps?).

Bolsas de Estudo EUA e Europa

Parceria CNPq/Labex - Embrapa para a Concessão de Bolsas nos EUA e Europa

O CNPq e a Embrapa por meio de seus laboratórios no exterior – Labex acertam parceria para o oferecimento de bolsas de treinamento no exterior nas modalidades SWE – Doutorado Sandwich e PDE – Pós Doutorado no Exterior de acordo com os critérios e normas vigentes deste Conselho, na chamada Cronograma 01 do calendário regular de 2010.

Labex são laboratórios virtuais da Embrapa no exterior que conectam a pesquisa agrícola brasileira aos melhores centros de pesquisa do mundo. O Labex instrumentalisa diferentes mecanismos de cooperação internacional tais como o compartilhamento de instalações, equipamentos, reagentes e equipes de pesquisadores, o que facilita a realização de pesquisas de alta qualidade e relevância e a criação de novas parcerias internacionais para atuarem em áreas e temas estratégicos para a produção agrícola no Brasil e no mundo.

A parceria para a concessão de bolsas reforça o papel do Labex como nucleador de consórcios internacionais para pesquisas avançadas e expande seu alcance para além das unidades da Embrapa, pois permitirá a integração de outras instituições brasileiras de C&T no Labex. Serão criadas novas oportunidades de interação cientifica e tecnológica, facilitando a formação de redes de pesquisa inter-américa e transeuropeia e assim contribuindo para maior inserção internacional da nossa ciência e tecnologia no campo da agropecuária.

Além de potencializar as atividades do Labex, as ações deste programa darão mais foco as pesquisas e treinamentos de brasileiros no exterior em Ciências Agrárias e áreas afins, uma vez que o Labex atua com visão estratégica e em áreas temáticas de vanguarda e de grande relevância para o Brasil. As propostas devem abordar de modo exclusivo as áreas e temas objetos da programação do Labex, como: Prospecção Tecnológica, Mudanças Climáticas, Recursos Genéticos, Saúde Animal, Agroenergia, Manejo Florestal, Microbiologia Aplicada, Biologia Avançada e Biotecnologia, Recursos Naturais e Sustentabilidade - Conservação e Gestão Ambiental e Tecnologias Agroalimentarias e Agroindustriais.

Os candidatos interessados em submeter propostas a este Programa deverão indicar esta opção no ato da submissão. As propostas deverão ter forte aderência às áreas e temas de atuação do Labex, conforme apresentado em documento anexo. As finalidades, requisitos e critérios de seleção das propostas estão disponíveis na página – Calendário/Bolsas Especiais no

Exterior: Cronograma 1, cujas inscrições estarão abertas até 04 de março e vigência das bolsas aprovadas a partir junho de 2010. As propostas terão sua adequação e mérito avaliados, conforme critérios especificados na Chamada, por coordenadores do Labex que atuarão como consultores Ad hoc e pelos respectivos Comitês Assessores do CNPq que subsidiarão a decisão da diretoria. Inicialmente poderão ser concedidas até 40 bolsas nas duas modalidades.

COMO SUBMETER:

Os interessados em aplicar para este programa deverão empregar o formulário específico de submissão da chamada Calendário - Cronograma 1 Bolsas Especiais no Exterior, disponível na Plataforma Carlos Chagas , acessando o link Doutorado Sanduíche - SWE (Parceria CNPq/Labex - Embrapa) ou Pós Doutorado no Exterior - PDE (Parceria CNPq/Labex - Embrapa) e preenchendo com todas as informações solicitadas. Recomenda-se a submissão nos CA's das Ciências Agrárias.

"Next Generation Sequence" e a Bioinformática - o Desafio

Estamos num momento de transição. Transição econômica, científica e metodológica. No momento atual e a cada semana surgem novas metodologias de sequenciamento genômico semelhante ao desejo humano de voar, a corrida pelo sequenciamento do genoma completo pelo menor preço, menor tempo e maior eficiência começou há pelo menos 5 anos.

Assim como as aeronaves, cujos desenhistas esforçaram-se para melhorar continuamente suas capacidades e características tais como alcance, velocidade, capacidade de carga, facilidade de manobra, dirigibilidade, segurança, autonomia e custos operacionais, entre outros. Os "engenheiros" moleculares se esforçam para alcançar parâmetros visionários de velocidade e eficiencia de sequenciamento.

Este texto discutirá algumas dessas tecnologias e pretende dar suporte às dúvidas e questionamentos para a comunidade brasileira que realiza pesquisa em genômica.

Inicio com alguns links de interesse das principais tecnologias das chamadas "next generation sequence".

• Comunidade técnica internacional sobre sequenciamento de nova geração: aqui é possível encontrar um vasto material bem como perguntas e respostas sobre as tecnologias.
  

• 454 (Roche)
• SoLiD (Applied Biosystems)
• Illumina
  

• Comparação entre as três tecnologias

O desafio da bioinformática no tratamento, armazenamento e análise dos dados gerados pelas novas tecnologias vem do fato de que estas novas tecnologias produzem leituras de comprimento curto quanto 35-40 nucleotídeos, apresentando grandes desafios para a montagem e a anotação de um genoma.
Esses desafios são mapeados no trabalho de Pop e Salzberg (2008). Os autores discutem os desafios e descrevem alguns dos sistemas usados em bioinformática que se propoem a resolvê-los. Adicionalmente os autores apresentam as questões decorrentes da utilização destas tecnologias em projetos corporativos, no sequenciamento "de novo" e para o ressequenciamento de genomas de referência, bem como os esforços para melhorar a anotação de genomas.

Na próxima sessão discutiremos algumas aplicações das novas tecnologias e como (e onde) obter informação sobre as análises.

Exposição Revolução Genômica

Pesquisa FAPESP -

Em 1973, a brasileira Niède Guidon, então pesquisadora do Centre National de La Recherche Scientifique (CNRS) em Paris, era assistente da grande arqueóloga francesa Annete Emperaire, que procurava vestígios do homem mais antigo das Américas. Annete já havia estado na Patagônia e, em solo brasileiro, seu maior interesse era a região de Lagoa Santa, nos arredores de Belo Horizonte, onde se acreditava estarem os resquícios mais antigos de ocupação humana em terras nacionais. “Detesto essa pesquisa para ver quem é o mais antigo. Gosto do Piauí por causa das pinturas (rupestres), que são muito bonitas”, disse então Niède a Annete. “Preparo tudo para você ir a Lagoa Santa, mas vou para o Piauí.” Foi e nunca mais saiu da região de São Raimundo Nonato, no sudeste do estado. Para sua surpresa, além de incontáveis manifestações de arte pré-histórica em mais de mil sítios arqueológicos descobertos, deparou – que ironia – justamente com o que dizia tanto odiar: indícios de presença humana no Nordeste muito mais antigos do que jamais alguém esperaria achar.

Segundo Niède, o material arqueológico resgatado até agora no Piauí – alvo de controvérsias entre os estudiosos – indica que o homem chegou à região há cerca de 100 mil anos. A pesquisadora acredita que o Homo sapiens deve ter vindo da África por via oceânica, atravessando o Atlântico. Houve uma grande seca na África e o homem teria ido para o mar procurar comida. Tempestades o empurraram oceano adentro. “O mar estava então 140 metros abaixo do nível de hoje, a distância entre a África e a América era muito menor e havia muito mais ilhas”, disse Niède, hoje com 75 anos, na palestra que fez no dia 11/05 no Parque do Ibirapuera, em São Paulo, para a programação cultural da exposição científica Revolução genômica. As teses de Niède se chocam com a arqueologia mais tradicional, dominada pela visão dos norte-americanos, que situam a chegada do homem nas Américas há cerca de 13 mil anos, vindo da Ásia via estreito de Bering.

Em sua apresentação, Niède fez um resumo dos 36 anos dos trabalhos científicos e de preservação cultural e ambiental desenvolvidos no Parque Nacional Serra da Capivara, criado em 1979 e considerado patrimônio cultural da humanidade pela Unesco. Falou da localização geográfica do parque, que compreende uma área de 129 mil hectares administrada pela Fundação Museu do Homem Americano (Fundham), entidade criada (em 1986) e presidida até hoje por Niède. O parque é vizinho de outro, de nome auto-explicativo, que fica à sua direita, o Parque Nacional da Serra das Confusões, com área de 516 mil hectares. “Na realidade, sempre quisemos que a serra da Capivara e a serra das Confusões formassem um só parque”, afirmou. A idéia não vingou devido à cobiça de políticos e grandes empresários que conseguiram doações, desmataram uma parte da região e separaram os dois parques, segundo a arqueóloga.

Veja o video