"Next Generation Sequence" e a Bioinformática - o Desafio

Estamos num momento de transição. Transição econômica, científica e metodológica. No momento atual e a cada semana surgem novas metodologias de sequenciamento genômico semelhante ao desejo humano de voar, a corrida pelo sequenciamento do genoma completo pelo menor preço, menor tempo e maior eficiência começou há pelo menos 5 anos.

Assim como as aeronaves, cujos desenhistas esforçaram-se para melhorar continuamente suas capacidades e características tais como alcance, velocidade, capacidade de carga, facilidade de manobra, dirigibilidade, segurança, autonomia e custos operacionais, entre outros. Os "engenheiros" moleculares se esforçam para alcançar parâmetros visionários de velocidade e eficiencia de sequenciamento.

Este texto discutirá algumas dessas tecnologias e pretende dar suporte às dúvidas e questionamentos para a comunidade brasileira que realiza pesquisa em genômica.

Inicio com alguns links de interesse das principais tecnologias das chamadas "next generation sequence".

• Comunidade técnica internacional sobre sequenciamento de nova geração: aqui é possível encontrar um vasto material bem como perguntas e respostas sobre as tecnologias.
  

• 454 (Roche)
• SoLiD (Applied Biosystems)
• Illumina
  

• Comparação entre as três tecnologias

O desafio da bioinformática no tratamento, armazenamento e análise dos dados gerados pelas novas tecnologias vem do fato de que estas novas tecnologias produzem leituras de comprimento curto quanto 35-40 nucleotídeos, apresentando grandes desafios para a montagem e a anotação de um genoma.
Esses desafios são mapeados no trabalho de Pop e Salzberg (2008). Os autores discutem os desafios e descrevem alguns dos sistemas usados em bioinformática que se propoem a resolvê-los. Adicionalmente os autores apresentam as questões decorrentes da utilização destas tecnologias em projetos corporativos, no sequenciamento "de novo" e para o ressequenciamento de genomas de referência, bem como os esforços para melhorar a anotação de genomas.

Na próxima sessão discutiremos algumas aplicações das novas tecnologias e como (e onde) obter informação sobre as análises.